كتب و رسائل و فوائد و افادات و حواشى و تعليقات به زبانهاى عربى و فارسى و تركى تأليف كرده است از آن جمله : گلشن راز شيخ محمود شبسترى و رسالهء اثبات الواجب جديد محقّق دوانى و تهذيب الاصول علامه و اشكال التأسيس سمرقندى را شرح كرده و بر هريك از شروح هدايه و مواقف و شرح تجريد قوشچى و شروح شمسيه و مطالع و شروح تذكره و چغمينى « 1 » و رساله بيست باب خواجه و تحرير اقليدس او حواشى و تعليقات نوشته است . و مجموعهء مهج الدعوات سيد بن طاوس را به پارسى ترجمه كرده و رساله‌يى هم به زبان پارسى در علم قيافه و رساله‌يى به زبان تركى در امامت دارد . زبدهء تأليفاتش عبارت از تاج المناقب فى فضائل الائمه و منهج الفصاحه فى شرح نهج البلاغة مىباشد كه هر دو كتاب را به نام شاه اسماعيل اول نوشته است . قرآن مجيد را به پارسى و عربى تفسير كرده پارسى آن در چند مجلد به اتمام رسيده ولى عربى آن از سورهء بقره تجاوز نكرده است . صاحب رياض العلماء مىنويسد : « لم يخرج منه الا تفسير الفاتحة و بعض الآيات من سورة البقرة قد رايته بخطه فى اردبيل و هو به قدر عشرة آلاف بيت تقريبا و له ايضا شرح گلشن راز للشبسترى المشهور فى التصوف بالفارسية قد رايته فى اردبيل بخطه » . علامهء دوانى اجازهء وى را در پشت كتاب ( شواكل الحور فى شرح هياكل النور ) چنين مرقوم فرموده‌اند : « قرء علىّ المولى السيد الفاضل الزكى البارع جامع الفضائل مرضى الشمائل الساعى فى تكميل نفسه بجد حديد و ذهن جديد و طبع سديد جلال الملة و السعادة و الفضيلة و الفطانة و الدّين حسين الاردبيلى اسبغ اللّه تعالى فضائله و ابد بين الاقران شمائله هذا الكتاب المسمى شواكل الحور فى شرح هياكل النور من تصانيفى قراءة دالة على فطانته و ذكائه و متانته فاستجازنى روايته و رواية ساير ما يجوز لى رواية فاستخرت اللّه و اجزت له روايته من الكتب فى العلوم كل ذلك بالشرائط المعتبرة . . . و كتبه الفقير الى اللطف الرحمانى ابو عبد اللّه محمد بن اسعد بن محمد المدعو بجلال الدّين الدوانى فى رابع عشر اول جمادى سنه اثنين و تسعين ثمانمائه 892 » .

--> ( 1 ) - محمود چغمينى از اكابر علماى هيئت و رياضى قرن نهم « چغمين » از قراء خوارزم است فاضل رومى به كتاب الملخص او شرحى نوشته كه به شرح چغمينى معروف است .